自1930年起，受美国近代实验心理学流派的影响，心理学系强调心理学基础理论的教学与研究，开设的课程侧重自然科学；1952年院校调整后，心理学系随理学院并入北京大学；
1987年，清华大学建立了高校最早的学生心理咨询中心；2003年
拥有了应用心理学系硕士点；2006年清华大学人文社会科学学院批准成立心理学与认知科学研究中心；2008年5月，清华大学心理学系复建。
复建后的心理学系秉承清华大学的优良传统，充分利用清华大学的多学科优势，积极开创跨院系合作研究和人才培养的新模式，不断提高心理学教学和研究水平，加强国际合作与交流，努力建设成为国内一流的心理学创新型人才培养基地和高水平学术研究基地。